Kyai Moch. Busyri Al Aly lahir pada tanggal 10 Oktober 1927 dari pasangan H. Abdul Manan dan Nyai Masriyatun Munadi. H. Abdul Manan sendiri adalah seorang pengusaha yang memiliki haliyah cinta kepada ulama. Beliau sering hadir dalam majelis-majelis ilmu dan juga sering bersilaturahmi kepada ulama di berbagai daerah saat ia melariskan usaha dagangnya. Berkah dari kecintaannya kepada para ulama tersebut, anak turunnya menjadi orang alim dan memiliki pasangan yang berlatar ulama pula, seperti Kyai Moch. Busyri Al Aly.
Sejak kecil Kyai Moch Busyri Al Aly telah dididik dalam tradisi keislaman yang kental. Selain diajar langsung oleh ayahandanya, Kyai Moch Busyri Al Aly juga dididik oleh ustadz-ustadz yang mengajar di Musholla Al Athos Miji. Pada saat usianya beranjak 12 tahun, Kyai Moch Busyri Al Aly diberangkatkan ngangsu kaweruh ke Pondok Pesantren Tebuireng, dibawah asuhan Hadratus Syaikh Hasyim Asy’ari. Di Pesantren Tebuireng ini Kyai Moch Busyri Al Aly selain belajar disiplin ilmu keagamaan, juga belajar tentang pemikiran serta pergerakan nasional kepada KH. Wahid Hasyim. Dari diskusi-diskusi dengan KH. Wahid Hasyim inilah, membuka cara pandangnya untuk berjuang membela umat dan bangsanya dari ketidakadilan penjajahan yang bertahun tahun telah berakar kuat di Nusantara.
Masa menuntut ilmu di Pesantren Tebuireng dilakoni selama 9 tahun. Pada tahun 1948, beliau boyong dan kembali ke rumahnya di Miji-Mojokerto. Kyai Moch. Busyri Al Aly tidak segera mengajar seperti alumni pesantren lainnya. Ia merasa masih belum siap terjun di tengah masyarakat padahal ia telah banyak mengaji kitab-kitab besar kepada para Masyayikh Tebuireng. Akhirnya ia memutuskan untuk mendaras ulang kitab-kitab yang telah dipelajarinya tersebut hingga berhari hari lamanya
Pada tahun 1950, Kyai Moch Busyri Al Aly bersama dengan KH. Basori Alwi (Pengasuh PIQ Singosari Malang) dan KH. Damanhuri (Gresik) merintis berdirinya Jamiyatul Quro Wal Huffadz. Pada tahun 1954, Kyai Moch Busyri Al Aly turut menggerakkan kegiatan Mudarosatul Quran Bil Ghoib yang dilaksanakan secara rutin tiap Jumat Kliwon. Kelak kegiatan ini menjadi spirit bagi para Kyai penghafal Al-Quran seperti KH. Arif Hasan dan KH. Ismail Nawawi untuk menghimpun para Huffadz dalam satu jam’iyah.
Pada tahun 1952, KH. Achyat Chalimi dan Kyai Moch. Busyri Al Aly terlibat dalam proses pendirian Sekolah Menengah Islam (SMI) yang menempati gedung “Balai Muslimin” Jl. Taman Siswa 27 Mojokerto. Pada tahun 1956, Kyai Moch. Busyri Al Aly dipercaya oleh KH. Achyat Chalimi untuk merintis pendirian Madrasah Mualimin dan Mualimat Nahdlatul Ulama yang sekarang dikenal sebagai SMP Islam Brawijaya. Ketika KH. Achyat Chalimi berhasil membeli tanah dan bangunan di Jl. Brawijaya 99, pada tanggal 4 Agustus 1961, maka “Madrasah Muallimin Muallimat Nahdlatul Ulama (MMNU) resmi berdiri dengan Kyai Moch. Busyri al-Aly yang ditunjuk sebagai Kepala Sekolah, dan pada tahun 1968, Kyai Moch. Busyri Al Aly juga mendirikan Madrasah Ibtidaiyah Nurul Huda Miji yang tidak jauh dari rumahnya.